由加神社本宮は、岡山県倉敷市南部の児島に位置する由加山にある神社です。旧社格は県社であり、神社本庁の管轄に属さない単立神社です。この神社は、由緒ある歴史と独自の文化を持ち、地元住民や参拝者から広く信仰を集めています。
由加山は、古代より磐座信仰が行われていた場所とされています。天平5年（733年）には行基によってこの地に十一面観音が祀られ、神仏が一体となった瑜伽大権現（由加大権現）と呼ばれる神仏習合の山となりました。また、北麓にある熊野神社の縁起によれば、奈良時代の初めに役行者の高弟5人が紀州熊野から熊野本宮大社を奉持し、この地に熊野神社を創建、その後、新熊野三山の一つとして由加山に那智宮を開いたと伝えられています。
江戸時代中期には、備前藩主池田氏の祈願所として栄えました。藩主は正月、五月、九月の年三回、由加神社を参拝し、神社の社殿や蓮台寺の客殿の造営を行いました。これにより、由加神社は地域の信仰の中心としてその地位を確立しました。
明治時代の神仏分離令により、由加神社と蓮台寺は分離されました。その後、由加神社は全国に末社52社を有し、西日本を中心に広がりました。第二次世界大戦後の国家神道解体に伴い、形式的には分離されたままでしたが、僧職が本殿で祈祷を行うなど、事実上、明治以前の形態に復し、蓮台寺と一体的に運営されていました。
1997年3月3日、由加神社は一部の建物を占拠し、宗教法人としての独自活動を開始しました。この出来事は、当時の住職（兄）と宮司（弟）の間の対立が原因とされ、これ以降、蓮台寺と由加神社の関係は対立状態に入りました。蓮台寺は建物の明け渡しを求めて裁判を起こすなど、両者の関係は複雑化しましたが、由加神社は独自の宗教活動を継続しています。
江戸時代には、瑜伽大権現（瑜伽山蓮台寺）と讃岐国の金毘羅大権現（金光院松尾寺）を両方参拝する「両参り」と呼ばれる慣習が成立しました。このため、由加山の南方にある田ノ口地区は由加山の門前町として栄え、参拝者で賑わいを見せました。
由加神社本宮の祭神は以下の通りです：
これらの神々が由加神社本宮に祀られ、地域の人々から深く信仰されています。
由加神社本宮には、江戸時代初期に建築された本殿があり、この本殿は岡山県指定の重要文化財に指定されています。この歴史的建造物は、地域の文化遺産として重要な役割を果たしており、その保存と保護が続けられています。